MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_4

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017658	AT	3	6	2	7	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017658	CAT	3	9	31	39	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017658	ATT	4	12	117	128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017658	TCA	2	6	154	159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504714
5	NC_017658	CGC	2	6	305	310	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504714
6	NC_017658	CG	3	6	335	340	0 %	0 %	50 %	50 %	387504714
7	NC_017658	GTG	2	6	433	438	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504714
8	NC_017658	ATC	2	6	500	505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504714
9	NC_017658	TCG	2	6	514	519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504714
10	NC_017658	GCAG	2	8	542	549	25 %	0 %	50 %	25 %	387504714
11	NC_017658	CAT	2	6	575	580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504714
12	NC_017658	GCG	2	6	591	596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504714
13	NC_017658	CG	3	6	605	610	0 %	0 %	50 %	50 %	387504714
14	NC_017658	T	6	6	675	680	0 %	100 %	0 %	0 %	387504714
15	NC_017658	GCT	2	6	687	692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504714
16	NC_017658	TCTG	2	8	761	768	0 %	50 %	25 %	25 %	387504714
17	NC_017658	GC	4	8	788	795	0 %	0 %	50 %	50 %	387504714
18	NC_017658	GCC	3	9	849	857	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504714
19	NC_017658	CA	3	6	881	886	50 %	0 %	0 %	50 %	387504714
20	NC_017658	GGC	2	6	923	928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504714
21	NC_017658	GAAA	2	8	932	939	75 %	0 %	25 %	0 %	387504714
22	NC_017658	TCA	2	6	991	996	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017658	T	8	8	1033	1040	0 %	100 %	0 %	0 %	387504715
24	NC_017658	GTG	2	6	1105	1110	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504715
25	NC_017658	CGC	2	6	1146	1151	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504715
26	NC_017658	TCA	2	6	1219	1224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504715
27	NC_017658	AGG	2	6	1231	1236	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504715
28	NC_017658	AGG	2	6	1240	1245	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504715
29	NC_017658	CGG	2	6	1282	1287	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504715
30	NC_017658	TCTG	2	8	1292	1299	0 %	50 %	25 %	25 %	387504715
31	NC_017658	GCA	2	6	1334	1339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504715
32	NC_017658	CTT	2	6	1451	1456	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504715
33	NC_017658	CGC	2	6	1477	1482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504715
34	NC_017658	GTT	2	6	1551	1556	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504715
35	NC_017658	TGG	2	6	1588	1593	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504715
36	NC_017658	GGC	2	6	1633	1638	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504715
37	NC_017658	CAG	2	6	1645	1650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504715
38	NC_017658	GC	3	6	1721	1726	0 %	0 %	50 %	50 %	387504715
39	NC_017658	GCCTT	2	10	1777	1786	0 %	40 %	20 %	40 %	387504715
40	NC_017658	GCC	2	6	1828	1833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504716
41	NC_017658	AGA	2	6	1957	1962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504716
42	NC_017658	TGA	2	6	1969	1974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504716
43	NC_017658	GGGAG	2	10	2009	2018	20 %	0 %	80 %	0 %	387504716
44	NC_017658	CT	3	6	2081	2086	0 %	50 %	0 %	50 %	387504716
45	NC_017658	GC	3	6	2228	2233	0 %	0 %	50 %	50 %	387504716
46	NC_017658	GAT	2	6	2234	2239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504716
47	NC_017658	ATG	2	6	2294	2299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504716
48	NC_017658	CAT	2	6	2339	2344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504716
49	NC_017658	CAT	2	6	2350	2355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504716
50	NC_017658	GGCT	2	8	2369	2376	0 %	25 %	50 %	25 %	387504716
51	NC_017658	GCC	2	6	2420	2425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504716
52	NC_017658	GAC	2	6	2453	2458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504716
53	NC_017658	TC	3	6	2502	2507	0 %	50 %	0 %	50 %	387504716
54	NC_017658	GTT	2	6	2813	2818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504717
55	NC_017658	TCA	2	6	2830	2835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504717
56	NC_017658	GGC	2	6	2844	2849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504717
57	NC_017658	CCG	2	6	2862	2867	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504717
58	NC_017658	GCC	2	6	2969	2974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504717
59	NC_017658	TTC	2	6	2988	2993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504717
60	NC_017658	ATCCCG	2	12	3126	3137	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387504717
61	NC_017658	GCC	2	6	3151	3156	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504717
62	NC_017658	TACA	2	8	3194	3201	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017658	TGCC	2	8	3243	3250	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017658	GCCA	2	8	3264	3271	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017658	ATG	2	6	3337	3342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017658	TTA	2	6	3350	3355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017658	CAG	2	6	3360	3365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017658	TTC	2	6	3386	3391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017658	TGA	2	6	3423	3428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017658	ACT	2	6	3457	3462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017658	CCA	2	6	3473	3478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017658	ACC	3	9	3481	3489	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017658	CAT	2	6	3528	3533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017658	ACC	2	6	3565	3570	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_017658	TA	3	6	3658	3663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017658	TAC	2	6	3676	3681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017658	T	6	6	3709	3714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017658	CTG	2	6	3775	3780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504718
79	NC_017658	AC	3	6	3793	3798	50 %	0 %	0 %	50 %	387504718
80	NC_017658	ATGGC	2	10	3818	3827	20 %	20 %	40 %	20 %	387504718
81	NC_017658	A	6	6	3919	3924	100 %	0 %	0 %	0 %	387504718
82	NC_017658	AGG	2	6	4005	4010	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504718
83	NC_017658	CAG	2	6	4064	4069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504718
84	NC_017658	GCA	2	6	4084	4089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504718
85	NC_017658	GAG	2	6	4151	4156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504718
86	NC_017658	AAC	2	6	4161	4166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504718
87	NC_017658	A	7	7	4209	4215	100 %	0 %	0 %	0 %	387504718
88	NC_017658	CAA	2	6	4352	4357	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017658	ACC	2	6	4358	4363	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_017658	GCAT	2	8	4402	4409	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017658	TTC	2	6	4478	4483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017658	ATG	2	6	4631	4636	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017658	GAA	2	6	4716	4721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017658	T	7	7	4763	4769	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017658	ATT	2	6	4814	4819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017658	A	8	8	4888	4895	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017658	GTT	2	6	5139	5144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504719
98	NC_017658	CAT	2	6	5145	5150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504719
99	NC_017658	GTT	2	6	5188	5193	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017658	A	6	6	5307	5312	100 %	0 %	0 %	0 %	387504720
101	NC_017658	GCA	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504720
102	NC_017658	CAG	2	6	5329	5334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504720
103	NC_017658	GCG	2	6	5400	5405	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504720
104	NC_017658	ACGG	2	8	5420	5427	25 %	0 %	50 %	25 %	387504720
105	NC_017658	AGA	2	6	5470	5475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504720
106	NC_017658	C	6	6	5514	5519	0 %	0 %	0 %	100 %	387504720
107	NC_017658	GTG	2	6	5553	5558	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504720
108	NC_017658	C	6	6	5743	5748	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
109	NC_017658	GCA	2	6	5827	5832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017658	AGAT	2	8	5859	5866	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017658	T	6	6	6006	6011	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017658	AAG	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017658	GCA	2	6	6163	6168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017658	A	6	6	6179	6184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017658	AT	3	6	6190	6195	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017658	GA	3	6	6205	6210	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.